タウン360°サポートセンターの金木と申します。
CSVデータでの物件登録は3000件まで登録が可能となっておりますので、
細かく分割せずに一括でアップロード可能です。
実際に数百件超の物件をアップロードされて運用されているサイトもありますので
システムには問題ありません。
通常CSVデータの一行目には、項目名がヘッダとして設定されておりますので、
その場合、実際のデータ数は1件減となります。
(CSVが16行あっても、1行分はヘッダで物件数は15件分)
その辺での認識の違いはありませんか?ご確認されてみて下さい。